Keszthelyen 1772-ben gróf Festetics Pál alapított meg a gimnáziumot. Az évszázadok alatt több formában, más-más évfolyamokkal, és változó fenntartókkal működött az intézmény.

Kezdetben ferences rendi papok nevelték-tanították az ifjúságot, majd királyi intézmény, állami gimnázium is volt az iskola, ezt követően a premontrei rend tartotta fenn évtizedeken keresztül. 1948-ban államosították az intézményt, és fokozatosan négyosztályossá szervezték át. 1990-ig a gimnáziumi osztályok mellett előbb mezőgazdasági, majd közgazdasági és egészségügyi szakközépiskolai, valamint gép- és gyorsíró szakiskolai osztályok is indultak. A nappali rendszerű oktatás mellett felnőttoktatás is működött a levelező tagozaton.

Az iskola fennmaradásáért többször is meg kellett küzdeni, de a város vagy a rend vezetőinek határozott fellépése mindig meghiúsította a gimnázium áthelyezését vagy megszüntetését. Az intézmény már régóta megyei fenntartású intézményként működött, ez év elején került át a Zala megyei Intézményfenntartó Központ fenntartásába. Szeptembertől pedig ismét változik az oktatási forma: elindul a hatosztályos gimnáziumi képzés. Jelenleg a diákok az emelt szintű matematika, biológia, angol vagy német nyelvű osztályokban, illetve a humán és reál jellegű tagozaton tanulhatnak.

1892. augusztus 23-án avatta fel Keszthely lakossága a Schadl János tervei alapján készült új épületet. Az oktatás túlnyomórészt ma is ebben az épületben folyik. Az itt tanulók 1922 óta vettek részt tanulmányi versenyeken. Az 1924-es eredményeket követően a keszthelyi gimnáziumot az ország legsikeresebb intézetének nyilvánították.

A gimnázium 240 éves fennállása tiszteletére rendeztek ünnepséget a Balaton Színházban.
A Vajda János Gimnázium kettős jubileumának ünnepségén beszédet mondott Dr. Rumi Krisztina, a Zala Megyei Kormányhivatal igazgatója, majd Ruzsics Ferenc, Keszthely polgármestere, aki a gimnázium tanulója volt: nemcsak az iskola történetét, hanem személyes emlékeket, gimnáziumi élményeit is felidézte beszédében. A gimnáziumban folyó kiemelkedő munka elismeréseként Dr. Réthelyi Miklós nemzeti erőforrás miniszter miniszteri elismerő oklevelet adományozott az intézménynek. Dr. Réthelyi Miklós miniszter – aki szintén a keszthelyi gimnázium tanulója volt – a 240. éves évforduló tiszteltére rendezett ünnepség résztvevőit levélben köszöntötte. Gondolatatit, középiskolás emlékeit a megyei Kormányhivatal igazgatója tolmácsolta a jelenlevőknek.